经过一番摸索，下面我说下我最终的做法，应该会比两位大佬说的更加符合我的实际应用。首先找到shell线程获取数据的接口。在shell.c文件中大概位置如下，在这里加入数据拷贝

同时我发现接收到非指令的数据时，线程会发送错误报警，即你发啥返回啥，给上位机端解析造成麻烦，于是可以注释掉错误警告，如下位置

进入msh_exec函数，注释掉如下部分

到此大功告成，此方法不需要切换模式，且shell不响应非指令数据。
再次感谢两位大佬的解答

问题已经解决，我在每次调用升级前把内存擦除一遍就可以，注意fal的擦除函数最大一次擦除4k

跳转问题已经解决，是搞错了芯片容量

我也想问，我现在的跳转不过去，芯片为stm32l476，不知道是不是这里的问题